Há diferença entre o certificado emitido no curso online e em cursos presenciais?

Não. O certificado emitido ao concluir o curso online possui mesma validade e reconhecimento legal que o certificado de cursos presenciais, desde que sigam as normas do Ministério da Educação (MEC). 
 
A única diferença é o formato do curso: presencial ou remoto, mas isso não altera a validade do certificado.